Para desenvolver seus trabalhos de pesquisa, produção de sementes e demonstração de tecnologia, a Embrapa Agropecuária Oeste conta com duas bases físicas, totalizando 574 hectares, sendo 404 ha em Dourados e 170 ha em Ponta Porã. A sede da Unidade em Dourados possui uma área construída de 5.000 m², contendo:

• Laboratório de análise de solos (química e física), nutrição de plantas, corretivos e relação solo-água;
• Laboratório de Microbiologia do Solo;
• Laboratórios de Fitopatologia, Entomologia e Nematologia;
• Laboratório de Geoprocessamento;
• Laboratório de Informática;
• Laboratório de Campo;
• Estação Agrometeorológica Automática;
• Casas de Vegeação e Telado;
• Biblioteca com cerca de 40.000 volumes;
• Auditório com 235 lugares;
• Salas de apoio (VIP e Secretaria);
• Salas para reuniões (duas com capacidade para 20 pessoas e uma para 50 pessoas);
• Sala de áudio e vídeo e área para montagem de estandes;
• Prédios de administração, pesquisa, restaurante, almoxarifado, oficina e garagem;
• Laboratório de Piscicultura;
• Campo Experimental e Vitrine Tecnológica.